Các nguồn nước cần phải xử lý trước khi xả thải vào môi trường: Nước thải từ khu đô thị, khu dân cư tập trung; nước thải từ các nhà máy sản xuất công nghiệp, chế biến thực phẩm, trang trại chăn nuôi, nuôi trồng thủy/hải sản; nước thải từ các khu công nghiệp, khu tiểu thủ công nghiệp, các làng nghề … Đây là loại nước thải có nồng độ BOD/COD, cũng như Nitơ tổng hoặc phốt pho cao...
Cơ sở của phương pháp xử lý sinh học là dựa vào khả năng oxy hóa các liên kết hữu cơ dạng hòa tan và không hòa tan của vi sinh vật – chúng sử dụng các liên kết đó như nguồn thức ăn.
Mục đích của xử lý sinh học là chuyển hóa các chất hữu cơ khó phân hủy (tồn tại ở dạng gây ô nhiễm) thành các chất hữu cơ dễ phân hủy (tồn tại ở dạng không gây ô nhiễm như: CO2, N2, CH4, H2S, và các chất vô vơ: NH4+, PO43- và tế bào mới). Các quá trình xử lý sinh học chính thường hay áp dụng trong công nghệ xử lý nước thải:
Quá trình phân hủy các chất hữu cơ nhờ vi sinh vật gọi là quá trình oxy hóa sinh hóa. Để thực hiện quá trình này, các chất hữu cơ hòa tan, chất keo và các chất phân tán nhỏ trong nước thải cần di chuyển vào bên trong tế bào vi sinh vật theo ba giai đoạn chính như sau:
Tốc độ quá trình oxy hóa sinh hóa phụ thuộc vào cấu trúc, nồng độ chất hữu cơ, hàm lượng các tạp chất và mức độ ổn định của lưu lượng nước thải vào hệ thống xử lý. Ở mỗi điều kiện xử lý nhất định, các yếu tố chính ảnh hưởng đến tốc độ phản ứng sinh hóa là chế độ thủy động, hàm lượng oxy trong nước thải, nhiệt độ, pH, dinh dưỡng và các nguyên tố vi lượng,...
Các phản ứng sinh hóa cơ bản của quá trình phân hủy chất hữu cơ trong nước thải gồm có:
CxHyOz + O2 - Enzime => CO2 + H2O + DH
CxHyOz + NH3 + O2 - Enzime => Tế bào vi khuẩn + CO2 + H2O + C5H7NO2 - DH
C5H7NO2 + 5O2 - Enzime => 5CO2 + 2H2O + NH3 ± DH